Phần mềm hóa đơn là khái niệm thường bị đồng nhất với phần mềm in hóa đơn. Tuy nhiên trên thực tế, yêu cầu của việc sử dụng các phần mềm hóa đơn hiện nay ở các doanh nghiệp không chỉ dừng lại ở việc in hóa đơn bằng máy (thay cho việc phải viết tay) mà phần mềm này còn phải đảm bảo công tác giảm thiểu các thủ tục hành chính so với hóa đơn đặt in, là thay đổi quan trọng trong việc quản lý, lưu trữ thông tin cũng như báo cáo, kiểm tra, kiểm soát hóa đơn thu, xuất với cơ quan thuế
Phần mềm in hóa đơn chỉ đơn thuần là một thiết bị máy cứng giúp cho bộ phận kế toán có thể ghi chép các thông tin hóa đơn của khách hàng bằng hệ thống máy tính và in ra, thay vì viết tay và xuất hóa đơn theo cách truyền thống. Việc in hóa đơn bằng máy sẽ giúp cho bộ phận kế toán in, xuất hóa đơn được nhanh hơn và có thể kịp thời điều chỉnh, sửa chữa khi có sai sót. Tuy vậy, hạn chế của việc sử dụng phần mềm in hóa đơn là các doanh nghiệp vẫn phải đặt mua hóa đơn cũng như tổ chức quản lý, lưu trữ theo cách thủ công, gây tốn kém, lãng phí tài nguyên trong suốt quá trình làm việc.
Hóa đơn tự in là loại hóa đơn được phát hành bởi chính các doanh nghiệp, tổ chức kinh doanh khi có phát sinh giao dịch, mua bán. Điều này có nghĩa là các doanh nghiệp, cơ quan sẽ hoàn toàn chủ động trong việc in, xuất hóa đơn trực tiếp cho người mua mà không phải tới cơ quan thuế để đặt mua hóa đơn theo như cách làm trước đây. Tuy vậy, để có thể tự in hóa đơn sẽ phải đáp ứng được đầy đủ các yêu cầu quy định của pháp luật, cụ thể là tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP của Chính phủ. Tuy nhiên, điểm trừ của hóa đơn tự in là việc nó có thể bị làm giả bởi một số doanh nghiệp không đăng ký sử dụng hay không đáp ứng được các yêu cầu theo quy định mà vẫn tự phát hành hóa đơn.
Phần mềm hóa đơn tự in là phần mềm được xây dựng bởi chính các doanh nghiệp hoặc một đơn vị có chuyên môn nhằm phục vụ cho công tác tự in hóa đơn trên cơ sở của các thiết bị tin học, máy tính tiền… và đã được công nhận bởi các cơ quan chuyên trách.
Phần mềm hóa đơn điện tử là phần mềm được đưa vào sử dụng để phục vụ cho công tác in, xuất hóa đơn điện tử. Phần mềm hóa đơn điện tử sẽ giúp các doanh nghiệp khởi tạo, xử lý hóa đơn (tạo lập, gửi, nhận, lưu trữ) trên hệ thống máy tính của các bên theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.
Hóa đơn điện tử xác thực hay hóa đơn điện tử có mã xác thực là một loại hóa đơn được cấp mã xác thực (mã xác thực là chuỗi ký tự được mã hoá, cung cấp bởi hệ thống xác thực hoá đơn của Tổng cục Thuế dựa trên các thông tin hoá đơn của doanh nghiệp) và số xác thực thông qua hệ thống xác thực của cơ quan thuế. Việc sử dụng hóa đơn điện tử xác thực sẽ giúp tạo ra sự thuận tiện cho việc hạch toán kế toán, đối chiếu dữ liệu, đồng thời rút ngắn thời gian do việc lập, gửi, nhận hóa đơn thông qua các phương tiện điện tử. Ngoài ra, trên hoá đơn điện tử xác thực còn có Mã QR là mã vạch hai chiều giúp người nhận hóa đơn có thể đọc và kiểm tra nhanh các thông tin trên hoá đơn.
Phần mềm hóa đơn điện tử xác thực là phần mềm chuyên dụng cho việc tạo lập và xuất hóa đơn điện tử xác thực và phải đáp ứng đầy đủ các nghiệp vụ của hóa đơn điện tử xác thực.
Xuất phát từ yêu cầu bức thiết trong quá trình hoạt động, đồng thời để tạo hành lang pháp lý cho doanh nghiệp thực hiện sử dụng hoá đơn điện tử trong hoạt động kinh doanh, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 32/2011/TT-BTC ngày 14/3/2011 hướng dẫn về khởi tạo, phát hành và sử dụng hoá đơn điện tử bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ có hiệu lực từ ngày 1/5/2011. Theo đó, hóa đơn điện tử sẽ giúp quản lý các dữ liệu về bán hàng, cung ứng dịch vụ, lưu trữ và quản lý dữ liệu thông qua các phương tiện điện tử chuyên dụng, thường sẽ là được khởi tạo, lập và xử lý dựa trên hệ thống máy tính của tổ chức đã được cấp mã số thuế và được lưu trữ trên hệ thống của các bên theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử. Bên cạnh hóa đơn điện tử, mới đây theo Quyết định 1209/QĐ-BTC của Bộ Tài Chính, từ tháng 6/2015 đến hết năm 2016, Bộ sẽ tiến hành triển khai thí điểm việc quản lý hóa đơn của các doanh nghiệp thông qua hệ thống hóa đơn điện tử xác thực. Với việc sử dụng hóa đơn điện tử xác thực, doanh nghiệp chỉ cần đăng ký phát hành hóa đơn thông qua internet với mẫu số và ký hiệu hóa đơn mà doanh nghiệp muốn sử dụng và được cơ quan thuế trả về kết quả ngay trong ngày, giảm được các thủ tục hành chính rờm rà như trước đây. Sau khi xuất hóa đơn điện tử, doanh nghiệp có thể gửi ngay hóa đơn cho khách hàng thông qua phương tiện điện tử như: email, internet, tin nhắn,… và khi cần, khách hàng có thể dễ dàng truy cập vào Website của bên bán để xem và tải hóa đơn về, không phải lưu trữ, bảo quản hóa đơn, tránh rủi ro mất, cháy, hỏng hóa đơn. Đặc biệt sử dụng hóa đơn điện tử xác thực, vào từng quý doanh nghiệp không phải lập báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn, bởi các hóa đơn khi gửi đi xác thực đã được cơ quan thuế lưu trữ trên hệ thống. Chính bởi vậy, hóa đơn điện tử xác thực được dự báo sẽ là một xu hướng tất yếu trong hoạt động của các doanh nghiệp trong thời gian tới.
