Hướng dẫn kê khai thuế khi sử dụng hóa đơn điện tử

Hóa đơn điện tử (HĐĐT) đã trở thành một công cụ quan trọng trong quản lý thuế tại Việt Nam, đặc biệt kể từ khi Chính phủ đẩy mạnh chuyển đổi số và ban hành các quy định bắt buộc sử dụng HĐĐT. Việc sử dụng HĐĐT không chỉ giúp doanh nghiệp, tổ chức và cá nhân kinh doanh tiết kiệm chi phí, tăng hiệu quả quản lý mà còn hỗ trợ cơ quan thuế kiểm soát giao dịch một cách minh bạch. Tuy nhiên, để đảm bảo tuân thủ đúng quy định pháp luật, việc kê khai thuế khi sử dụng HĐĐT đòi hỏi sự hiểu biết và thực hiện đúng quy trình. Trong bài viết này, chúng ta sẽ đi sâu vào hướng dẫn chi tiết từng bước để kê khai thuế khi sử dụng HĐĐT, từ việc chuẩn bị, lập hóa đơn, kê khai đến nộp thuế, đồng thời chỉ ra những lưu ý quan trọng để tránh sai sót.

>> Có thể bạn quan tâm: Nộp thuế điện tử theo quy định mới nhất.

1. Hiểu biết cơ bản về hóa đơn điện tử và nghĩa vụ thuế

1.1. Hóa đơn điện tử là gì?

Hóa đơn điện tử là hóa đơn được khởi tạo, lập, gửi, nhận, lưu trữ và quản lý bằng phương tiện điện tử, có giá trị pháp lý tương đương hóa đơn giấy theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP và các văn bản pháp luật liên quan. HĐĐT bao gồm các loại chính như hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT), hóa đơn bán hàng, và hóa đơn khác (như hóa đơn khởi tạo từ máy tính tiền).

1.2. Nghĩa vụ thuế khi sử dụng HĐĐT

Khi sử dụng hóa đơn điện tử, các doanh nghiệp, tổ chức và cá nhân kinh doanh có nghĩa vụ kê khai và nộp thuế theo quy định, bao gồm:

• Thuế GTGT: Áp dụng đối với doanh nghiệp sử dụng hóa đơn GTGT, thường là 10% trên giá trị hàng hóa, dịch vụ.
• Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN): Áp dụng đối với doanh nghiệp, tính trên lợi nhuận sau khi trừ chi phí hợp lệ.
• Thuế thu nhập cá nhân (TNCN): Áp dụng đối với cá nhân kinh doanh, tính trên doanh thu hoặc thu nhập chịu thuế.
• Các loại thuế khác: Tùy thuộc vào ngành nghề kinh doanh, có thể bao gồm thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế xuất nhập khẩu, v.v.

Việc kê khai thuế khi sử dụng HĐĐT không khác biệt nhiều so với hóa đơn giấy về bản chất, nhưng quy trình được thực hiện hoàn toàn trên nền tảng số, đòi hỏi sự chính xác và đồng bộ dữ liệu.

2. Các bước chuẩn bị trước khi kê khai thuế

2.1. Đăng ký sử dụng HĐĐT

Để sử dụng HĐĐT, doanh nghiệp hoặc cá nhân kinh doanh cần đăng ký với cơ quan thuế theo các bước sau:

• Bước 1: Lựa chọn nhà cung cấp dịch vụ HĐĐT uy tín (như VNPT, Viettel, FPT, MISA, v.v.) và ký hợp đồng sử dụng dịch vụ.
• Bước 2: Đăng ký sử dụng HĐĐT với cơ quan thuế thông qua hệ thống kê khai thuế điện tử (eTax). Doanh nghiệp cần nộp mẫu 01/ĐK-HĐĐT theo Thông tư 78/2021/TT-BTC.
• Bước 3: Sau khi được phê duyệt, doanh nghiệp sẽ nhận thông báo từ cơ quan thuế và có thể bắt đầu phát hành HĐĐT.

2.2. Chuẩn bị hệ thống và dữ liệu

• Hệ thống phần mềm: Đảm bảo phần mềm HĐĐT được kết nối với hệ thống của cơ quan thuế để truyền dữ liệu hóa đơn.
• Dữ liệu giao dịch: Sắp xếp và lưu trữ dữ liệu giao dịch (doanh thu, chi phí, hóa đơn đầu vào, đầu ra) một cách khoa học, dễ tra cứu.
• Chữ ký số: Chuẩn bị chữ ký số để ký điện tử trên HĐĐT và tờ khai thuế.

2.3. Tìm hiểu thời hạn kê khai thuế

• Thuế GTGT: Kê khai hàng tháng (hạn nộp là ngày 20 của tháng tiếp theo) hoặc hàng quý (hạn nộp là ngày 30 của tháng đầu tiên quý tiếp theo), tùy thuộc vào quy mô doanh nghiệp.
• Thuế TNDN: Kê khai tạm tính hàng quý (hạn nộp là ngày 30 của tháng đầu tiên quý tiếp theo) và quyết toán năm (hạn nộp là ngày 31/3 của năm sau).
• Thuế TNCN: Kê khai hàng tháng hoặc hàng quý, quyết toán vào cuối năm.

>> Tham khảo: Giải pháp giúp hộ khoán xuất hóa đơn điện tử trên máy tính tiền tuân thủ Nghị định 70/2025/NĐ-CP.

3. Quy trình kê khai thuế khi sử dụng HĐĐT

3.1. Lập và phát hành HĐĐT

• Bước 1: Khi bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ, sử dụng phần mềm HĐĐT để lập hóa đơn. Đảm bảo hóa đơn có đầy đủ thông tin theo quy định, bao gồm: tên, mã số thuế của người bán và người mua, nội dung hàng hóa/dịch vụ, số tiền, thuế suất, ngày phát hành, v.v.
• Bước 2: Ký điện tử trên hóa đơn bằng chữ ký số và gửi HĐĐT cho người mua qua email hoặc hệ thống tra cứu.
• Bước 3: Truyền dữ liệu HĐĐT đến cơ quan thuế thông qua hệ thống kết nối. Đối với HĐĐT có mã của cơ quan thuế, dữ liệu sẽ được truyền tự động; đối với HĐĐT không có mã, doanh nghiệp cần gửi bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn định kỳ.

3.2. Thu thập và kiểm tra hóa đơn đầu vào

• Thu thập hóa đơn đầu vào: Nhận HĐĐT từ nhà cung cấp qua email, hệ thống tra cứu hoặc phần mềm HĐĐT. Đảm bảo hóa đơn hợp lệ (có chữ ký số, thông tin đầy đủ, không bị hủy).
• Kiểm tra tính hợp lệ: Đối chiếu thông tin trên hóa đơn với hợp đồng, chứng từ thanh toán để đảm bảo hóa đơn được sử dụng đúng mục đích và có thể khấu trừ thuế GTGT.
• Lưu trữ: Lưu trữ HĐĐT đầu vào trên hệ thống phần mềm hoặc ổ cứng, đảm bảo có thể tra cứu khi cần.

3.3. Lập bảng kê hóa đơn đầu ra và đầu vào

• Bảng kê hóa đơn đầu ra: Tổng hợp tất cả HĐĐT đã phát hành trong kỳ kê khai (tháng hoặc quý), bao gồm số hóa đơn, ngày phát hành, giá trị trước thuế, thuế GTGT và tổng cộng.
• Bảng kê hóa đơn đầu vào: Tổng hợp HĐĐT đầu vào hợp lệ, bao gồm các thông tin tương tự như bảng kê đầu ra. Lưu ý chỉ đưa vào các hóa đơn được phép khấu trừ thuế GTGT.
• Kiểm tra đối chiếu: Đối chiếu dữ liệu trên bảng kê với dữ liệu đã truyền lên cơ quan thuế để đảm bảo không có sai sót.

3.4. Lập tờ khai thuế GTGT

• Truy cập hệ thống eTax: Đăng nhập vào hệ thống kê khai thuế điện tử của Tổng cục Thuế (etax.gov.vn) bằng tài khoản và chữ ký số.
• Lập tờ khai: Sử dụng mẫu 01/GTGT (đối với doanh nghiệp kê khai theo phương pháp khấu trừ) hoặc mẫu 03/GTGT (đối với doanh nghiệp kê khai theo phương pháp trực tiếp). Điền các thông tin từ bảng kê hóa đơn đầu ra và đầu vào, bao gồm:
  • Doanh thu chịu thuế và thuế GTGT đầu ra.
  • Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.
  • Số thuế GTGT phải nộp (nếu có) hoặc số thuế được hoàn (nếu âm).
• Ký và nộp tờ khai: Ký điện tử bằng chữ ký số và nộp tờ khai qua hệ thống eTax trước thời hạn quy định.

3.5. Kê khai thuế TNDN và TNCN

• Thuế TNDN: Lập tờ khai tạm tính thuế TNDN (mẫu 03/TNDN) hàng quý, dựa trên doanh thu và chi phí hợp lệ từ HĐĐT. Cuối năm, thực hiện quyết toán thuế TNDN (mẫu 03/TNDN) và nộp trước ngày 31/3 của năm sau.
• Thuế TNCN: Đối với cá nhân kinh doanh, lập tờ khai thuế TNCN (mẫu 01/KK-TNCN) hàng tháng hoặc hàng quý, dựa trên doanh thu từ HĐĐT. Cuối năm, thực hiện quyết toán thuế TNCN nếu có yêu cầu.

3.6. Nộp thuế

• Kiểm tra số thuế phải nộp: Sau khi nộp tờ khai, hệ thống eTax sẽ thông báo số thuế phải nộp (nếu có).
• Nộp thuế: Sử dụng tài khoản ngân hàng đã đăng ký với cơ quan thuế để nộp thuế qua hệ thống eTax hoặc trực tiếp tại ngân hàng. Đảm bảo nộp đúng hạn để tránh bị phạt chậm nộp (0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp).

>> Tham khảo: Báo giá hóa đơn điện tử; Thủ tục phát hành hóa đơn điện tử.

4. Những lưu ý quan trọng khi kê khai thuế với HĐĐT

4.1. Đảm bảo tính hợp lệ của HĐĐT

• HĐĐT phải có chữ ký số của người bán và đầy đủ thông tin theo quy định.
• Đối với HĐĐT đầu vào, cần kiểm tra xem nhà cung cấp có đang hoạt động hợp pháp hay không (qua cổng thông tin của Tổng cục Thuế).
• HĐĐT phải được truyền dữ liệu đến cơ quan thuế đúng quy định.

4.2. Xử lý sai sót trên HĐĐT

• Nếu phát hiện sai sót trên HĐĐT đã phát hành (như sai thông tin, số tiền, thuế suất), cần lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hủy hóa đơn theo quy định tại Thông tư 78/2021/TT-BTC.
• Thông báo với cơ quan thuế và người mua về việc điều chỉnh hoặc hủy hóa đơn, đồng thời cập nhật dữ liệu trên hệ thống kê khai.

4.3. Lưu trữ HĐĐT

• HĐĐT phải được lưu trữ trong thời hạn tối thiểu 10 năm theo quy định của Luật Kế toán.
• Lưu trữ dưới dạng điện tử trên hệ thống phần mềm, đảm bảo có thể tra cứu và xuất trình khi cơ quan thuế yêu cầu.

4.4. Kiểm tra và đối chiếu dữ liệu

• Định kỳ kiểm tra dữ liệu HĐĐT đã truyền lên cơ quan thuế để đảm bảo không có sai lệch.
• Đối chiếu số liệu trên tờ khai thuế với dữ liệu thực tế trên phần mềm HĐĐT để tránh sai sót.

4.5. Tuân thủ thời hạn kê khai và nộp thuế

• Đảm bảo nộp tờ khai và thuế đúng hạn để tránh bị phạt. Nếu có khó khăn, có thể xin gia hạn nộp thuế theo quy định (thường tối đa 30 ngày).

5. Lợi ích của việc kê khai thuế với HĐĐT

5.1. Tiết kiệm thời gian và chi phí

Việc kê khai thuế với HĐĐT được thực hiện hoàn toàn trên nền tảng số, giúp tiết kiệm thời gian so với việc sử dụng hóa đơn giấy. Doanh nghiệp không cần in ấn, lưu trữ giấy tờ thủ công, từ đó giảm chi phí vận hành.

5.2. Tăng tính minh bạch và chính xác

Dữ liệu HĐĐT được truyền trực tiếp đến cơ quan thuế, giảm thiểu rủi ro sai sót hoặc gian lận. Doanh nghiệp cũng dễ dàng tra cứu và đối chiếu dữ liệu khi cần.

5.3. Hỗ trợ quản lý hiệu quả

HĐĐT giúp doanh nghiệp quản lý doanh thu, chi phí và thuế một cách khoa học, từ đó hỗ trợ việc lập báo cáo tài chính và quyết toán thuế cuối năm.

>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.

Kết luận

Kê khai thuế khi sử dụng hóa đơn điện tử là một quy trình quan trọng, đòi hỏi sự hiểu biết và tuân thủ đúng quy định pháp luật.

Bằng cách thực hiện đúng các bước từ chuẩn bị, lập hóa đơn, kê khai đến nộp thuế, doanh nghiệp và cá nhân kinh doanh không chỉ đảm bảo tuân thủ nghĩa vụ thuế mà còn tận dụng được những lợi ích mà HĐĐT mang lại, như tiết kiệm chi phí, tăng tính minh bạch và hiệu quả quản lý.

Tuy nhiên, để tránh sai sót, cần chú ý đến các yêu cầu về tính hợp lệ của hóa đơn, thời hạn kê khai và lưu trữ dữ liệu. Với sự hỗ trợ của công nghệ và các hướng dẫn chi tiết, việc kê khai thuế với HĐĐT sẽ ngày càng trở nên dễ dàng, góp phần thúc đẩy chuyển đổi số trong quản lý thuế tại Việt Nam.

Mọi thắc mắc hoặc muốn được tư vấn muốn được tư vấn về phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice hoàn toàn miễn phí, Quý doanh nghiệp vui lòng liên hệ:

CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN

• Địa chỉ: Số 15 Đặng Thùy Trâm – Cầu Giấy – Hà Nội
• Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
• Tel : 024.37545222
• Fax: 024.37545223
• Website: https://einvoice.vn/